火影忍者幻之试炼的关卡存在多种玩法，核心涵盖常规主线关卡、无尽试炼、隐藏独特关卡三大类，同时关卡内还细分不同战斗和交互场景，整体方法结构丰盛且随机多变。

常规主线关卡是幻之试炼的基础玩法，采用走格子的随机地图推进，每关需击败指定BOSS通关，整体分为七个主线关卡，每关之间穿插2至3个随机内容格子。这些随机格子包含遭遇战、商店、神奇房间、幻境扭曲等不同类型，遭遇战是核心战斗环节，主要迎战各类杂兵敌人，是获取试炼币和属性增益的主要途径。商店可消耗试炼币购买增益卡牌、更换现有卡牌或更新卡牌，还能触发独特商人战斗，击败后可获取额外奖励。神奇房间会触发独特事件，比如选择卡牌增益、触发隐藏宝箱或幻境跳转等随机福利。幻境扭曲则分为本地和多人类型，本地常出现火鸡、忍猫等独特敌人，胜利后可获取洗牌选增益的机会，多人则保留合作方法，玩家可组队共同挑战强敌。主线关卡的BOSS战难度逐步提高，从前期的普通BOSS到后期的半蛇兜、佩恩天道、白面具带土等强力BOSS，部分BOSS还分多阶段战斗，比如白面具带土会先后召唤外道魔像、开始神威空间战斗，对玩家的属性积累和操作诀窍都有极高标准。

无尽试炼是主线通关后解开的进阶玩法，没有关卡上限，玩家可运用主线中积累的强化卡组和忍者形态持续挑战。该玩法难度随关卡数递增，敌人强度和BOSS机制会不断更新，考验玩家的极点发育和战斗续航能力，同时设有唯一排行榜，表现优异的玩家会以NPC形式出现在其他玩家的试炼场景中，还会在名人堂石碑永久记录通关卡组和成绩。除了这些之后还有隐藏独特关卡，需满足特定条件解开，比如携带英雄之证可开始第七关隐藏挑战，运用特定忍者卡卡西通关后能解开幻神称号。部分主线关卡中还存在隐藏宝箱关，通关后若出现延迟加载，即可找到隐藏途径获取额外宝箱和强力增益，大幅提高后续通关概率。

不同玩法下还衍生出多种方法流派，玩家可根据玩法特征选择发育路线。秘卷流适合稳健型玩家，核心选择一字连柱、水龙卷等秘卷，组合秘卷连发、秘卷魔化等增益，依靠高频高伤秘卷稳定输出，应对多阶段BOSS优势明显。一拳流依赖近战爆发，选用醉拳李洛克等体术忍者，组合岩落之拳、无臂·均衡等能力，配合猿魔等通灵兽，普攻可打出高额爆发。清屏流适合范围输出偏好，选择四尾鸣人等忍者，组合永恒查克拉、结印增强等增益，依靠大范围奥义快速清场，适配遭遇战和多敌人场景。不同流派在各玩法中适配性不同，主线关卡适合均衡发育，无尽试炼更偏给极点输出，隐藏关卡则需兼顾生存和爆发，合理选择流派才能高效通关。